Častou chybou je uvádění souřadnic bez uvedení použitého souřadnicového referenčního systému. Souřadnice jsou často udávány jako x a y, lat a lon nebo jako GPS souřadnice. Tato interpretace je nesprávná a matoucí. Důležité je uvádět se souřadnicemi i jejich souřadnicový referenční systém. Souřadnice, které jsou často chybně uváděny jako lat a lon nebo GPS souřadnice, tedy zeměpisná šířka a délka, jsou zpravidla v souřadnicovém systému WGS-84. Jeho zkratka v registru EPSG je 4326.

Mezi další nejčastěji používané souřadnicové referenční systémy patří Evropský terestrický referenční systém ETRS-89 s kódem 4258. Systém jednotné trigonometrické sítě katastrální S-JTSK, ve kterém je veden například Katastr nemovitostí ČR, nebo Registr územní identifikace, adres a nemovitostí (RÚIAN), bývá v GIS nejčastěji používán ve formě s převrácenými osami X a Y jako takzvaný S-JTSK / Krovak East North s EPSG kódem 5514.

Uvedení použitého souřadnicového referenčního systému záleží i na použité reprezentaci prostorových objektů. Většina formátů (GML, GeoJSON…) má definici souřadnicového refernčního systému jako součást zápisu geometrie. Následuje příklad definice souřadnicového referečního systému v GML:

  <ad:geometry>
    <gml:Point gml:id="P.AD.22547665" srsName="urn:ogc:def:crs:EPSG::5514" srsDimension="2">
      <gml:pos>-731037.56 -1053052.98</gml:pos>
    </gml:Point>
  </ad:geometry>

Jiné formáty reprezentaci souřadnicového refernčního systému tak snadno neumožǔjí. Pak je potřeba souřadnicový referenční systém uvést například jako další atributový slupec, jako v následujícím příkladu CSV:

  WKT_Geometry,CRS
  "LINESTRING(14.450325965881346 50.05789646795757, 14.450948238372803 50.05791713211645, 14.45121645927429 50.05803422884852)",http://www.opengis.net/def/crs/EPSG/0/4258
  

V některých případech je možné zapsat souřadnicový referenční systém například v hlavičce souboru, ale je nutné si uvědomit, že v ideálním případě bude otevřených prostorových dat využito tak, aby data bylo možné zobrazit ve webových či desktopových aplikacích v mapě. Pokud nebude souřadnicový referenční systém definován, je možné, že se data vůbec nepodaří zobrazit nebo zpracovat.